Le personnage central et narrateur est David Balfour, 17 ans. (Balfour est le nom de jeune fille de la mère de Stevenson.) Ses parents sont récemment décédés et il veut se frayer un chemin dans le monde. Il reçoit une lettre du ministre d'Essendean, M. Campbell, à remettre à la Maison des Shaws à Cramond, où vit l'oncle de David, Ebenezer Balfour.

David arrive à la sinistre Maison des Shaws et est confronté à son oncle paranoïaque Ebenezer, qui est armé d'un tromblon. Son oncle est également avare, vivant de « parritch » et de petite bière, et la Maison des Shaws elle-même est partiellement inachevée et quelque peu en ruine. David est autorisé à rester et découvre bientôt des preuves que son père était peut-être plus âgé que son oncle, faisant ainsi de David l'héritier légitime de la succession. Ebenezer demande à David de récupérer un coffre au sommet d'une tour de la maison mais refuse de fournir une lampe ou une bougie. David est obligé de gravir les escaliers dans le noir et se rend compte que non seulement la tour est inachevée à certains endroits, mais que les marches se terminent tout simplement brusquement et tombent dans un abîme. David en conclut que son oncle avait l'intention qu'il ait un « accident » pour ne pas avoir à céder l'héritage de son neveu.

David confronte son oncle, qui promet de raconter à David toute l'histoire de son père le lendemain matin. Le garçon de cabine d'un navire, Ransome, arrive le lendemain et dit à Ebenezer que le capitaine Hoseason du brick Covenant doit le rencontrer pour discuter affaires. Ebenezer emmène David sur une jetée du Firth of Forth, où Hoseason l'attend, et David fait l'erreur de laisser son oncle seul avec le capitaine pendant qu'il visite le rivage avec Ransome. Hoseason propose plus tard de les emmener brièvement à bord du brick, et David obéit, seulement pour voir son oncle revenir seul à terre dans un skiff. David est alors immédiatement frappé d’insensé.

David se réveille, pieds et poings liés, dans la cale du navire et apprend que le capitaine envisage de le vendre comme esclave dans les Carolines. Mais le navire rencontre des vents contraires, qui le repoussent vers l'Écosse. Dans le brouillard près des Hébrides, ils heurtent un petit bateau. Tous les membres de l'équipage du petit bateau sont tués sauf un homme, Alan Breck Stewart, qui est embarqué et propose à Hoseason une grosse somme d'argent pour le déposer sur le continent. David surprend plus tard l'équipage qui complote pour tuer Alan et prendre tout son argent. David et Alan se barricadent dans la maison ronde, où Alan tue le meurtrier Shuan et David blesse Hoseason. Cinq membres de l'équipage sont tués sur le coup et les autres refusent de continuer le combat.

Hoseason n'a d'autre choix que de donner à Alan et David le passage vers le continent. David raconte son histoire à Alan, qui déclare à son tour que son lieu de naissance, Appin, est sous l'administration tyrannique de Colin Roy de Glenure, le facteur du roi et un Campbell. Alan, qui est un agent jacobite et porte un uniforme français, jure que s'il trouve le « Renard roux », il le tuera.

Le Covenant tente de négocier un canal difficile sans carte ni pilote approprié, et s'échoue bientôt sur les fameux Torran Rocks. David et Alan sont séparés dans la confusion, David étant échoué sur l'île d'Erraid, près de Mull, tandis qu'Alan et l'équipage survivant se mettent en sécurité sur cette même île. David passe quelques jours seul dans la nature avant de prendre ses marques.

David apprend que son nouvel ami a survécu et David a deux rencontres avec des guides mendiants : un qui tente de le poignarder avec un couteau et un autre qui est aveugle mais qui tire très bien avec un pistolet. David atteint bientôt Torosay, où il traverse la rivière, reçoit des instructions supplémentaires de l'ami d'Alan, Neil Roy McRob, et rencontre plus tard un catéchiste qui emmène le garçon sur le continent.

Alors qu'il poursuit son voyage, David rencontre nul autre que le Renard roux (Colin Roy) lui-même, accompagné d'un avocat, d'un domestique et d'un officier du shérif. Lorsque David arrête l'homme Campbell pour lui demander son chemin, un tireur d'élite caché tue l'agent détesté du roi.

David est dénoncé comme conspirateur et s'enfuit pour sauver sa vie, mais retrouve par hasard Alan. Le jeune pense qu'Alan est l'assassin, mais Alan nie toute responsabilité. Alan et David commencent alors leur fuite à travers la bruyère, se cachant des soldats gouvernementaux pendant la journée. À mesure que le voyage épuise les forces de David, sa santé se détériore rapidement ; au moment où ils sont attaqués par des Highlanders sauvages qui servent de sentinelles à Cluny Macpherson, un chef hors-la-loi caché, le garçon est à peine conscient. Alan convainc Cluny de les accueillir et David est soigné par un médecin des Highlands. Il se rétablit bientôt, même si entre-temps, Alan perd tout son argent aux cartes avec Cluny, seulement pour que Cluny le rende lorsque David le supplie pratiquement.