Première partie : Un voyage à Lilliput

Le voyage commence par un court préambule dans lequel Lemuel Gulliver donne un bref aperçu de sa vie et de son histoire avant ses voyages.

4 mai 1699-13 avril 1702

Au cours de son premier voyage, Gulliver s'échoue après un naufrage et se retrouve prisonnier d'une race de personnes minuscules, mesurant moins de 15 cm (6 pouces), qui habitent le pays insulaire de Lilliput. Après avoir assuré sa bonne conduite, il obtient une résidence à Lilliput et devient l'un des favoris de la cour royale de Lilliput. Le roi de Lilliput lui donne également l'autorisation de faire le tour de la ville à condition de ne pas blesser ses sujets.

Au début, les Lilliputiens sont hospitaliers envers Gulliver, mais ils se méfient également de la menace que sa taille fait peser sur eux. Les Lilliputiens se révèlent être un peuple qui accorde une grande importance aux choses insignifiantes. Par exemple, le bout d’un œuf qu’une personne casse devient la base d’une profonde fracture politique au sein de cette nation. C’est un peuple qui se délecte des démonstrations d’autorité et des démonstrations de pouvoir. Gulliver aide les Lilliputiens à soumettre leurs voisins les Blefuscudiens en volant leur flotte. Cependant, il refuse de réduire la nation insulaire de Blefuscu à une province de Lilliput, au grand dam du roi et de la cour royale.

Gulliver est accusé de trahison, entre autres crimes, pour avoir uriné dans la capitale alors qu'il éteignait un incendie. Il est reconnu coupable et condamné à être aveuglé. Avec l'aide d'un ami aimable, « un personnage considérable à la cour », il s'enfuit à Blefuscu. Ici, il repère et récupère un bateau abandonné et part pour être secouru par un navire de passage, qui le ramène chez lui en toute sécurité.

Partie II : Un voyage à Brobdingnag

20 juin 1702-3 juin 1706

Gulliver repart bientôt. Lorsque le voilier Adventure est dévié par des tempêtes et contraint de naviguer vers la terre à la recherche d'eau douce, Gulliver est abandonné par ses compagnons et laissé sur une péninsule de la côte ouest du continent nord-américain.

L'herbe de Brobdingnag est aussi haute qu'un arbre. Il est ensuite retrouvé par un agriculteur mesurant environ 72 pieds (22 m), à en juger par Gulliver estimant que le pas de l'homme était de 10 mètres (9 m). Le fermier géant ramène Gulliver à la maison et sa fille Glumdalclitch s'occupe de Gulliver. Le fermier le traite comme une curiosité et l'exhibe contre de l'argent. Au bout d'un moment, cette exposition constante rend Gulliver malade et le fermier le vend à la reine du royaume. Glumdalclitch (qui accompagnait son père lors de l'exposition de Gulliver) est mise au service de la Reine pour s'occuper du petit homme. Comme Gulliver est trop petit pour utiliser leurs immenses chaises, lits, couteaux et fourchettes, la reine lui fait construire une petite maison afin qu'il puisse y être transporté ; c'est ce qu'on appelle sa « boîte de voyage ».

Entre petites aventures comme combattre des guêpes géantes et se faire porter sur le toit par un singe, il discute de l'état de l'Europe avec le roi de Brobdingnag. Le roi n'est pas satisfait des récits de Gulliver sur l'Europe, en particulier après avoir appris l'utilisation des fusils et des canons. Lors d'un voyage au bord de la mer, sa caisse de voyage est saisie par un aigle géant qui laisse tomber Gulliver et sa caisse à la mer où il est récupéré par des marins qui le ramènent en Angleterre.