Un vieux marin nommé Billy Bones vient loger dans l'auberge rurale Admiral Benbow Inn, sur la côte ouest de l'Angleterre. Il dit au fils de l'aubergiste, Jim Hawkins, de surveiller "un marin unijambiste". Un ancien camarade de bord, Black Dog, affronte Bones et s'engage dans un violent combat avec lui. Après la fuite de Black Dog, un mendiant aveugle nommé Pew lui rend visite pour donner à Bones "le point noir" en guise de convocation pour partager une carte menant au trésor enfoui. Peu de temps après, Bones est victime d'un accident vasculaire cérébral et meurt. Pew et ses complices attaquent l'auberge, mais Jim et sa mère se sauvent en prenant le coffre marin de Bones. À l'intérieur du coffre, ils trouvent une carte d'une île sur laquelle le célèbre pirate Capitaine Flint a caché son trésor. Jim montre la carte au médecin local, le Dr Livesey, et au châtelain du district John Trelawney, et ils décident de faire une expédition sur l'île, avec Jim servant de garçon de cabine. Ils embarquèrent sur la goélette de Trelawney, l'Hispaniola, sous les ordres du capitaine Smollett. Une grande partie de l'équipage, comme il sera révélé plus tard, sont des pirates qui ont servi sous les ordres du capitaine Flint, dont le plus notable est le chef unijambiste du navire "Long John" Silver. Jim, assis dans un cercueil de pommes, surprend le projet des conspirateurs de se mutiner après la récupération du trésor et d'assassiner les capitaines.

Arrivé au large de l'île, Jim rejoint la fête à terre et commence à explorer l'île. Il rencontre un pirate abandonné nommé Ben Gunn, qui était également un ancien membre de l'équipage de Flint. La situation atteint son paroxysme lorsque les mutins s'arment et que les hommes de Smollett se réfugient dans une palissade abandonnée. Lors d'une attaque contre la palissade, Jim s'y retrouve et rejoint l'équipage. Jim parvient à se frayer un chemin vers l'Hispaniola et coupe l'ancrage du navire, permettant au navire de dériver le long de la marée descendante. Jim monte à bord de l'Hispaniola et rencontre Israel Hands, qui a été grièvement blessé lors d'une dispute avec l'un de ses compagnons. Hands aide Jim à échouer la goélette dans la baie nord, mais tente ensuite de tuer Jim avec un couteau. Jim s'échappe, grimpe dans les haubans du navire et tire sur son poursuivant.

Jim retourne à terre et retourne à la palissade, où il est horrifié de ne trouver que Silver et les pirates. Silver empêche la mort immédiate de Jim et dit à Jim que lorsque tout le monde a découvert que le navire avait disparu, le groupe du capitaine a accepté un traité par lequel ils abandonnaient la palissade et la carte. Dans la matinée, le médecin arrive pour soigner les pirates blessés et malades et dit à Silver de faire attention aux ennuis lorsqu'ils trouveront l'emplacement du trésor. Après son départ, Silver et les autres partent avec la carte, emmenant Jim en otage. Ils rencontrent un squelette, les bras orientés vers le trésor, ce qui perturbe le groupe. Finalement, ils trouvent la cache au trésor vide. Les pirates chargent presque Silver et Jim, mais des coups de feu sont tirés par le commandement du navire avec Gunn, depuis une embuscade. Livesey explique que Gunn avait déjà trouvé le trésor et l'avait emmené dans sa grotte. Les membres de l'expédition chargent une grande partie du trésor sur le navire et s'en vont. Dans leur premier port d'Amérique espagnole, où ils recruteront davantage d'équipage, Silver vole un sac d'argent et s'échappe. Les autres retournent à Bristol et se partagent le trésor. Jim dit qu'il en reste encore sur l'île, mais pour sa part, il n'entreprendra pas un autre voyage pour le récupérer.